wiki:epics/Archiver Appliance インストールメモ

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はじめに
ダウンロード
MySQLのセットアップ
Archiver Applianceのインストール
Apache httpdとの連携
AAの起動と確認
参考

はじめに

このドキュメントはJ-PARC加速器向けにArchiver Appliance (AA)をインストールして立ち上げた際の作業メモなので、適宜読み替えて頂きたい。

AAのインストールガイドを良く読んでおくこと。
AAのインストールガイドを良く読んでおくこと。
- QuickstartはあくまでもAAを試食するためのセットアップ方法なので、ここでは見ないでおく。よく読むと「Quickstartの方法では設定が保存されない。AAを再起動したら、アーカイブしたいPVを再度AAに設定しなければならない」旨が書いてある。
jkjarchiver-ap.mr.jkcontにインストールする
- OS : Alma Linux 9 / x86_64
- epicsアカウントで作業する
- 作業ディレクトリ: /home/epics/archappl
- AAのインストール先: /opt/archappl
- AAのデータ保存先: /localdata/archappl
- 各種設定ファイル・起動スクリプトは(できるだけ)mercurialでバージョン管理している
インストールの際に、X Window System上での作業が必要
あらかじめdnfでインストールしておくもの
- gcc
- httpd
- patch
- mariadb-server mariadb
- zenity
- (java-17-openjdk-devel) ※ 後述
AAインストール後の運用についてはArchiver Appliance 運用メモを参照のこと

ダウンロード

AAに必要なソフトウェアをあらかじめダウンロードしておく。ここでは/home/epics/archappl/downloadにダウンロードする。

Archiver Appliance

githubからダウンロードする。インストールするのはバイナリの配布物だが、ソースコードに管理用のスクリプトの例が含まれているので一緒にダウンロードしておく。

バイナリ

% wget https://github.com/archiver-appliance/epicsarchiverap/releases/download/1.1.0/archappl_v1.1.0.tar.gz

ソースコード

% wget https://github.com/archiver-appliance/epicsarchiverap/archive/refs/tags/1.1.0.tar.gz

Apache Tomcat

AAを走らせるにはApache Tomcat 7.0.61以降が必要。Apache Tomcat配布元から9.0.33のCoreからtar.gzをダウンロードした。

Tomcat 10系では(まだ)動かない

MySQL

AAはアーカイブするレコードの情報を記録するのにMySQL/MariaDBを利用する。 AlmaLinux9の配布物からmariadb 10.5をdnfでインストールした。

# yum install mariadb mariadb-server

今回は

AAを実行するマシンでMariaDBサーバも走らせる
MariadDBのテーブルはNFSサーバ上に置く

という構成にした。MariaDBサーバはAAとは独立したマシンにした方がよかったかもしれない。

MySQL クライアント jar

mysql-connector-javaをMySQL本家のArchiveから、

Product Version → 8.0.33
Operating System → Platform Independent

を選んでtarをダウンロードする。 AAのインストール後に、インストール先ディレクトリのapache-tomcat-x.y.z/libに置いてあるjarを差し替えることで、javaクライアントを入れ替えることができる。

JDK 17

制御計算機ではAdoptiumのOpenJDKU-jdk_x64_linux_hotspot_17.0.12_7.tar.gzを用いた。

Alma Linux 9のjava-17-openjdk-develをdnfで入れてもOK

tar ballの展開

% mkdir -p ~/archappl/workspace
% cd ~/archappl/workspace
% tar xf ../download/archappl_v1.1.0.tar.gz
% tar xf ../download/mysql-connector-j-8.0.33.tar.gz

MySQLのセットアップ

rootで作業する

dbを置くディレクトリ

AlmaLinux9標準のディレクトリのままにする場合はこの手順は飛ばしてよい。制御計算機ではdbは/svrdbに置く。NFSサーバがexportしているディレクトリを/svrdbにマウントする。

jkjds01.ccr.jkcont:/svrdb    /svrdb    nfs  bg,intr,soft,timeo=10,retrans=15,nfsvers=3 0 0

/svrdbを掘ってマウントし、パーミッションを設定する。mysqlの起動スクリプトがroot権限でこのディレクトリに書き込もうとするので、NFSサーバも設定しておく。

# mkdir /svrdb
# mount /svrdb
# mkdir /svrdb/mariadb10.5/jkjarchiver-ap
# chown mysql:mysql /svrdb/mariadb10.5/jkjarchiver-ap

MariaDBの設定

/etc/my.cnf.d/mariadb-server.cnfを書き換える
- MariaDBのテーブルを置くディレクトリ
- MySQL 5.3あたりからutf8mb4 (4-bytes unicode)がデフォルトになった。このままだとインデックスのキー長の上限である767バイトを超えるので、3-bytes unicodeを使う
  - いまはutf8はutf8mb3の別名だが、そのうちutf8mb4の別名になる(らしい)
  - キー長を768バイト以上にする方法もある(らしい)
```
...
[mysqld]
#datadir=/var/lib/mysql
datadir=/svrdb/mariadb10.5/jkjarchiver-ap
...
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0

# Use utf8 (3-bytes unicode) to avoid 767-bytes problem.
# Column size will exceed 767-bytes when the default charset, utf8mb4 (4-bytes unicode) is used.
character-set-server = utf8mb3
collation-server     = utf8_general_ci

#
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
```

/etc/my.cnf.d/mysql-clients.cnfも書き換える
```
...
[mysql]
default-character-set = utf8
...
```

logrotate

/etc/logrotate.d/mariadb に手順が書いてある。後回し。

mysqlサーバ自動起動の設定

MariaDBをインストールしただけでは自動起動しない。自動起動するように設定しておく

# systemctl enable mariadb

MySQLサーバの起動

MariaDBの回起動時に(dbが存在しなければ)dbを作ってくれる

# systemctl start mariadb

/usr/bin/mysql_secure_installation

MySQLの初期設定を行う。質問をよく読む。質問をよく読んでから答える

# /usr/bin/mysql_secure_installation

Enter current password for root (enter for none): ← ルートのパスワードを入力する
Switch to unix_socket authentication [Y/n] ← n
Change the root password? [Y/n] ← n
Remove anonymous users? [Y/n] ← y
Disallow root login remotely? [Y/n] ← nが安全だが状況に応じて
Remove test database and access to it? [Y/n] ← いらないのでy
Reload privilege tables now? [Y/n] ← y

schemaの作成

DB(archappl), ユーザー(archappl)とパスワード(archappl)を作る

rootで作業する

% mysql -u root -p
Enter password:
Welcome to the MariaDB monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MariaDB connection id is 14
Server version: 10.5.22-MariaDB MariaDB Server

Copyright (c) 2000, 2018, Oracle, MariaDB Corporation AB and others.

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the current input statement.

mysql> CREATE DATABASE IF NOT EXISTS archappl;
Query OK, 1 row affected (0.001 sec)

mysql> GRANT ALL PRIVILEGES ON archappl.* TO 'archappl'@'localhost' IDENTIFIED BY 'archappl';
Query OK, 0 rows affected (0.002 sec)

テーブルの作成

AA用のテーブルはAAのインストールスクリプト(後述)が作ってくれる。

Archiver Applianceのインストール

インストールスクリプトを走せると、

MariaDBのテーブル
Tomcatのデプロイ
アプライアンスの設定ファイルの作成
起動スクリプトの作成

をやってくれる

インストール先のディレクトリ

AAをインストールするディレクトリ(/opt/archappl)をあらかじめ掘っておく

rootで作業する

# mkdir -p /opt/archappl
# chown epics:epics /opt/archappl

ポリシーファイル

ポリシーファイルは AAにレコードを登録する際に用いられるファイルで、

LTS/MTS/STSの設定
レコードをサンプルする方法(monitor/scan)とサンプリング時間
値と一緒に保存するHIGH/HIGH/LOW/LOLO等のフィールド

等をPythonのdictionaryとして記述する。

インストールスクリプトを走らせる前に、ポリシーファイルを用意しておく。雛形が

epicsarchiverap.git/src/sitespecific/tests/classpathfiles/policies.py

に用意されている

このページのAtachmentsにもある
インストールスクリプトがポリシーファイルの所在を尋ねてくる。存在しないファイルを指定すると、スクリプトの実行に失敗する
中身は後で書き換えるので、ここでは気にしない
AAのクラスタを組む場合は、各ノードに同じファイルのコピーを置くか、共有ディレクトリに置いておく

制御計算機用のポリシーファイルは

/jk/dev/operation_app/jkControl/ArchiverAppliance/deploy/policies.py

に置いてある

LTS/MTS/STS

STS ... PARTITION_HOUR
MTS ... PARTITION_DAY&hold=5&gather=1
LTS ... PARTITION_MONTH

sampling method/sampling period

基本的にはMONITORにする
25Hzで更新されるLIのPVはSCAN 1.0secにする

metaFields

HIHI等のメタフィールドは保存しない。pvPolicyDict\["archiveFields"\]は空のarrayにしておく

JAVA_HOME

JAVA_HOMEを設定してく

% export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-17

インストールスクリプト

予めインストール先のディレクトリを作っておく。epicsアカウントで書き込めるようにownerを変更しておく:

rootで作業する

# mkdir -p /opt/archappl
# chown epics.epics /opt/archappl

インストールスクリプトが呼び出すdeployMultipleTomcats.pyはpython2向けに書かれているので、python3でも動くようにパッチをあてる

あるいはパッチ済みのものをこのページのAttachmentsからダウンロードして使う

cd ~epics/archappl/workspace
curl https://cerldev.kek.jp/trac/EpicsUsersJP/raw-attachment/wiki/epics/Archiver%20Appliance%20%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%A1%E3%83%A2/install_scripts_python3.patch
patch -p0 < install_scripts_python3.patch

AAを展開したディレクトリでインストールスクリプトを走らせる。AAを実行するアカウント(ここではepics)で走らせること。 sample_site_specific_contentをディレクトリごとsite_specific_contentにコピーして内容を編集しておくと、管理用ページのhtmlページの文言やヘッダに表示する図を差し替えることができる。

スクリプトを走らせると、ダイアログが開いて

DEPLOY_DIR (tomcatを展開するディレクトリ) → /opt/archappl
apache-tomcat-x.y.z.tar.gz の所在
mysql-connector-java-x.y.z-bin.jar の所在
環境変数ARCHAPPL_APPLIANCESが設定されていない場合、先に進むかどうか → Yesを答えると自動的に設定してくれる
mysqlサーバに接続するためのmysqlコマンドに渡す引き数 → ここでは--user=archappl --password=archappl --database=archappl
ポリシーファイル(policies.py)の所在

を尋ねてくる。

% cd ~archappl/workspace
% install_scripts/single_machine_install.sh
This script runs thru a typical install scenario for a single machine
You can use this to create a standard multi-instance (one Tomcat for ear WAR) tomcat deployment in a multi machine cluster by setting the ARCHAPPL_APPLIANCES and the ARCHAPPL_MYIDENTITY
For installations in a cluster, please do create a valid appliances.xml and export ARCHAPPL_APPLIANCES and ARCHAPPL_MYIDENTITY
...
...
Setting TOMCAT_HOME to the mgmt webapp in /opt/archappl/mgmt
Setting TOMCAT_HOME to /opt/archappl/apache-tomcat-9.0.33
Calling deploy release with /opt/archappl/deployRelease.sh /home/epics/archappl/workspace
Deploying a new release from /home/epics/archappl/workspace onto /opt/archappl
/opt/archappl/mgmt/webapps ~/archappl/workspace
~/archappl/workspace
/opt/archappl/engine/webapps ~/archappl/workspace
~/archappl/workspace
/opt/archappl/etl/webapps ~/archappl/workspace
~/archappl/workspace
/opt/archappl/retrieval/webapps ~/archappl/workspace
~/archappl/workspace
Done deploying a new release from /home/epics/archappl/workspace onto /opt/archappl
Do you have a site specific policies.py file?
Where's your site specific policies.py file?
Setting ARCHAPPL_POLICIES to /home/epics/archappl/policies.py
Done with the installation. Please use /opt/archappl/sampleStartup.sh to start and stop the appliance and /opt/archappl/deployRelease.sh to deploy a new release.

アプライアンスの設定

appliances.xmlでノードのidentityと各webappが使うURLを設定する

デフォルトでは/opt/archappl/appliances.xmlが使われる
- 起動スクリプトの環境変数でファイル名を指定する
AAのクラスタを組む場合は、各ノードに同じファイルのコピーを置くか、共有ディレクトリに置いておく

<appliances>
   <appliance>
     <identity>appliance0</identity>
     <cluster_inetport>jkjarchiver-ap.mr.jkcont:16670</cluster_inetport>
     <mgmt_url>http://jkjarchiver-ap.mr.jkcont:17665/mgmt/bpl</mgmt_url>
     <engine_url>http://jkjarchiver-ap.mr.jkcont:17666/engine/bpl</engine_url>
     <etl_url>http://jkjarchiver-ap.mr.jkcont:17667/etl/bpl</etl_url>
     <retrieval_url>http://localhost:17668/retrieval/bpl</retrieval_url>
     <data_retrieval_url>http://jkjarchiver-ap.mr.jkcont:17668/retrieval</data_retrieval_url>
   </appliance>
 </appliances>

プロパティファイル

archappl.propertiesでAAの動作を設定する。

デフォルトでは各web appのWEB-INF/classes/archappl.propertiesが使われる
- 例えば: /opt/archappl/engine/webapps/engine/WEB-INF/classes/archappl.properties
- 起動スクリプトの環境変数ARCHAPPL_PROPERTIES_FILENAMEでファイル名を指定する

アーカイブエンジンのバッファがあふれるので、プロパティファイルでマージンを大きめにとることにする:

...
# Increase buffer capacity adjustment in order to avoid buffer overflow in J-PARC MR.
org.epics.archiverappliance.config.PVTypeInfo.sampleBufferCapacityAdjustment = 5.0
...

サンプリング間隔の補正は無効にしておく:

...
# J-PARC MR
org.epics.archiverappliance.engine.epics.scanJitterFactor=1.00
...

デフォルトでは、AAに追加したPVが24時間経過しても見つからなかったら、諦めてそのPVのアーカイブは取りやめてしまう。無効にする:

# For the moment, don't abort never connected PVs for J-PARC MR
org.epics.archiverappliance.mgmt.MgmtRuntimeState.abortArchiveRequestInMins = -1

pbファイルのディレクトリの区切りに使う文字を指定する。とりあえずデフォルトのままにしたが、アンダースコア("_")も含めておいた方がよかったかもしれない。

org.epics.archiverappliance.config.ConvertPVNameToKey.siteNameSpaceSeparators = [\\:\\-]

TOMCATの設定

${TOMCAT_HOME}/conf/server.xml

mgmt webappが使うポートを、8080(tomcatのデフォルト)からappliances.xmlで指定したポート番号に合わせて17665にする。

...
    <!-- A "Connector" represents an endpoint by which requests are received
         and responses are returned. Documentation at :
         Java HTTP Connector: /docs/config/http.html (blocking & non-blocking)
         Java AJP  Connector: /docs/config/ajp.html
         APR (HTTP/AJP) Connector: /docs/apr.html
         Define a non-SSL HTTP/1.1 Connector on port 8080
    -->
    <Connector port="17665" protocol="HTTP/1.1"
               connectionTimeout="20000"
               redirectPort="8443" />

...

apache httpdとAJPを使った連携をしない場合は、AJP Connectorの設定をコメントアウトしておく:
```
...
    
...
```
SHUTDOWNコマンドの使うポートは8005のままにしておく。

${TOMCAT_HOME}/conf/context.xml にMySQLの設定を追加する

'jdbc/archappl'の設定を追加する:

...
<Context>

    <!-- Default set of monitored resources -->
    <WatchedResource>WEB-INF/web.xml</WatchedResource>

    <!-- Uncomment this to disable session persistence across Tomcat restarts -->
    <!--
    <Manager pathname="" />
    -->

    <!-- Uncomment this to enable Comet connection tacking (provides events
         on session expiration as well as webapp lifecycle) -->
    <!--
    <Valve className="org.apache.catalina.valves.CometConnectionManagerValve" />
    -->

    <Resource   name="jdbc/archappl"
                auth="Container"
                type="javax.sql.DataSource"
                factory="org.apache.tomcat.jdbc.pool.DataSourceFactory"
                username="archappl"
                password="archappl"
                testWhileIdle="true"
                testOnBorrow="true"
                testOnReturn="false"
                validationQuery="SELECT 1"
                validationInterval="30000"
                timeBetweenEvictionRunsMillis="30000"
                maxActive="10"
                minIdle="2"
                maxWait="10000"
                initialSize="2"
                removeAbandonedTimeout="60"
                removeAbandoned="true"
                logAbandoned="true"
                minEvictableIdleTimeMillis="30000"
                jmxEnabled="true"
                driverClassName="com.mysql.jdbc.Driver"
                url="jdbc:mysql://localhost:3306/archappl"
                />
</Context>

${TOMCAT_HOME}/lib/log4j.properties

logローテーションを仕掛けたい。が、とりあえずそのままにしておく

# Set root logger level and its only appender to A1.
log4j.rootLogger=ERROR, A1
log4j.logger.config.org.epics.archiverappliance=INFO
log4j.logger.org.apache.http=ERROR


# A1 is set to be a DailyRollingFileAppender
log4j.appender.A1=org.apache.log4j.DailyRollingFileAppender
log4j.appender.A1.File=arch.log
log4j.appender.A1.DatePattern='.'yyyy-MM-dd


# A1 uses PatternLayout.
log4j.appender.A1.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
log4j.appender.A1.layout.ConversionPattern=%-4r [%t] %-5p %c %x - %m%n

起動スクリプトの修正

インストールスクリプトがAAの起動スクリプトsampleStartup.shを生成するので、環境に合わせて書き換える。

setEPICSEnv.shへのパスを修正する
JAVA_OPTSを修正する
- -XX:MaxPermSize=128Mを削除する
- -Xmx4Gと-Xms1Gはメモリサイズに合わせて適宜調整する

アプライアンスの設定

export ARCHAPPL_APPLIANCES=/jk/dev/operation_app/jkControl/ArchiverAppliance/deploy/appliances.xml
export ARCHAPPL_MYIDENTITY="appliance0"

EPICSの設定

EPICS用の環境変数を設定するshスクリプトをsourceする:

source /jk/dev/operation_app/jkControl/ArchiverAppliance/deploy/setEPICSEnv.sh

export EPICS_CA_ADDR_LIST=...
#export EPICS_CA_AUTO_ADDR_LIST=false
#export EPICS_CA_SERVER_PORT=5064
#export EPICS_CA_REPEATER_PORT=5065

export EPICS_TS_MIN_WEST=-540
#export EPICS_CA_MAX_ARRAY_BYTES=6000000
export EPICS_CA_MAX_ARRAY_BYTES=65536

ポリシーファイルの設定

ポリシーファイルは環境変数で指定する。インストールスクリプトを実行した際に指定したファイルを指しているので、運転用のポリシーファイルを指すように書き換える:

export ARCHAPPL_POLICIES=/jk/dev/operation_app/jkControl/ArchiverAppliance/deploy/policies.py

プロパティファイルの設定

インストールスクリプトが作るAAの起動スクリプトには何も書かれていないが、プロパティファイルも起動スクリプトから環境変数で指定する:

export ARCHAPPL_PROPERTIES_FILENAME=/jk/dev/operation_app/jkControl/ArchiverAppliance/deploy/archappl.properties

ストレージの設定

export ARCHAPPL_SHORT_TERM_FOLDER=/localdata/archappl/sts/ArchiverStore
export ARCHAPPL_MEDIUM_TERM_FOLDER=/localdata/archappl/mts/ArchiverStore
export ARCHAPPL_LONG_TERM_FOLDER=/localdata/archappl/lts/ArchiverStore

データ保存先の作成

起動スクリプトでの設定に合うように、データを保存するディレクトリを作り、epicsアカウントで書き込めるようにownerを変更しておく

rootで作業する

# mkdir -p /localdata/archappl/lts
# mkdir -p /localdata/archappl/mts
# mkdir -p /localdata/archappl/sts
# chown epics.epics /localdata/archappl
# chown epics.epics /localdata/archappl/lts
# chown epics.epics /localdata/archappl/mts
# chown epics.epics /localdata/archappl/sts

Apache httpdとの連携

AAの各web appにポート80番でアクセスできるようにするため、jkjarchiver-apにリバースプロキシを立ち上げる。ここではAJPを使わずに、naiiveなhttpプロキシにする

rootで作業する
```
# yum install httpd httpd-tools
```

/etc/httpd/conf/httpd.confには触らないようにする
Attachmentsにあるファイルを/etc/httpd/conf.dにコピーして適宜書き換える
00-default.conf
00-proxy.conf

}}}

基本的な設定

conf.d/00-default.cont
```
Timeout 600
```

conf.d/00-mpm.conf

<IfModule mpm_prefork_module>
...
   MaxConnecitonPerChild 2000
</ifModule>

リバースプロキシの設定

conf.d/proxy.conf

ProxyRequests Off

ProxyPass        /mgmt http://localhost:17665/mgmt
ProxyPassReverse /mgmt http://localhost:17665/mgmt

ProxyPass        /retrieval http://localhost:17668/retrieval
ProxyPassReverse /retrieval http://localhost:17668/retrieval

<Proxy *>
   Order deny,allow
   Allow from all
</Proxy>

httpdの自動起動の設定

# systemctl enable httpd
# systemctl start httpd

AAの起動と確認

自動起動/自動停止させる

systemdのUnitファイルを用意し、マシンの起動時/停止時にepicsアカウントでAAが自動的に起動/停止するようにする。

Attatchmentからダウンロードする

# cp archappl.service /etc/systemd/systemc
# systemctlc enable archappl.service

AAを実行するUser/Groupをepicsにする

手動で起動する

# systemctl start archappl

webブラウザで管理用web appにアクセスする

次のURLにアクセスする:

http://jkjarchiver-ap.mr.jkcont:17665/mgmt

http://jkjarchiver-ap.mr.jkcont:17665/mgmt/ui/index.html にforwardされる
各web appが起動する前にアクセスすると503が返ってきて"数分待て"と表示されるが、数分では起動しない。気長に待て
各web appが起動する前にアクセスすると503が返ってきて"数分待て"と表示されるが、数分では起動しない。気長に待て
Archiver Appliance 運用メモに続く

参考

Attachments (12)

install_scripts_python3.patch (5.6 KB) - added by shuei 2 months ago.
policies.py (7.9 KB) - added by shuei 2 months ago.
archappl.service (637 bytes) - added by shuei 2 months ago.
deployMultipleTomcats.py (7.9 KB) - added by shuei 2 months ago.
setEPICSEnv.sh (3.3 KB) - added by shuei 2 months ago.
sampleStartup.sh (5.1 KB) - added by shuei 2 months ago.
00-default.conf (81 bytes) - added by shuei 2 months ago.
00-mpm.conf (4.5 KB) - added by shuei 2 months ago.
proxy.conf (742 bytes) - added by shuei 2 months ago.
archappl.properties (9.8 KB) - added by shuei 2 months ago.
mariadb-server.cnf (1.8 KB) - added by shuei 8 weeks ago.
mysql-clients.cnf (261 bytes) - added by shuei 8 weeks ago.

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